Владимир Якунин потребовал извинений от «Новой газеты» за материал «Особо важное убийство», в котором шла речь о связи бизнес-интересов семьи бывшего главы РЖД с убийством следователя Евгении Шишкиной в Подмосковье. Если газета не опровергнет эту информацию, Якунин пообещал подать в суд.
Шишкину убили 10 октября в Красногорском районе на выходе из подъезда. Киллер выстрелил ей в шею. Следственный комитет (СК) возбудил дело об убийстве, но переквалифицировал его на статью «Посягательство на жизнь сотрудника правоохранительных органов».
Спецкор «Новой» Ирек Муртазин утверждает, что Шишкина имела отношение к расследованию уголовного дела, связанного с Якуниным и полковником МВД Дмитрием Захарченко.
Захарченко задержали в сентябре 2016 года по обвинению в коррупции. Он был заместителем начальника управления «Т» антикоррупционного главка. У полковника и его родственников нашли иностранную валюту более чем на 9 млрд рублей. Разбирательство по делу продолжается.
В апреле 2014 года Фонд борьбы с коррупцией (ФБК) оппозиционера Алексея Навального рассказал, что сын экс-главы РЖД Андрей Якунин незаконно получал процент с продажи электронных билетов на поезда. Для этого использовались подконтрольные ему фирмы «Электронный билет» и УФС – только последняя за 2012 год, по данным ФБК, заработала около 2,7 млрд рублей.
В феврале 2016 года Навальный рассказал, что МВД начало проверку деятельности Якунина. Делом занимался следователь Андрей Степанов – по данным «Новой», он работал под началом убитой Шишкиной. Проверка шла медленно, пока в сентябре 2016 года не был задержан Захарченко. По версии издания, на него вышли благодаря выведенным из РЖД деньгам.
«Новая» считает, что Шишкина завладела документами, опасными для Якунина. Поэтому сначала подожгли ее автомобиль, а когда это не сработало, решили убить. Представитель Якунина Григорий Левченко заявил, что материал газеты находится «за красной чертой», и анонсировал иск о защите чести, достоинства и репутации.
«Это не первый раз за последнее время, когда «Новая газета» получает предупреждение от нас», - сказал Левченко. Он добавил, что «Новая» наносит непоправимый ущерб репутации семье Якунина.
Главный редактор «Новой газеты» Сергей Кожеуров не смог вспомнить ни одного предупреждения изданию со стороны РЖД или Якунина и не понял, где газета перешла «красную черту».
«Я не вижу никакой обоснованности, честь и достоинство могли бы быть затронуты распространением недостоверных сведений, обвинений в уголовных преступлениях, ничего этого в публикации нет», - сказал он.